Kontrolami Inspekcji Weterynaryjnej objęte są wszystkie nadzorowane przez nią działalności. Zarówno te zarejestrowane lub zatwierdzone, jak i te, które pomimo takiego obowiązku nie zostały zgłoszone właściwemu organowi Inspekcji.
Kontrole są przeprowadzane bez wcześniejszego powiadomienia. Przed rozpoczęciem kontroli osoby kontrolujące muszą okazać upoważnienie do kontroli (nie dotyczy to osoby pełniącej funkcję organu) oraz legitymację służbową, a także pouczyć o przysługujących kontrolowanemu prawach i obowiązkach.
Osoby kontrolujące muszą nosić odznakę identyfikacyjną na widocznym miejscu. Podczas kontroli musi być obecny kierownik kontrolowanego podmiotu lub osoba przez niego upoważniona.
Osoby kontrolujące mogą:
- żądać pisemnych lub ustnych informacji,
- żądać okazania i udostępnienia dokumentów lub danych informatycznych,
- pobierać nieodpłatnie próbki do badań.
Z czynności kontrolnych zostaje sporządzony protokół, podpisywany przez kontrolującego i kontrolowanego. Jeden egzemplarz protokołu pozostaje u kontrolowanego (bez względu na to czy kontrolowany złożył zastrzeżenia do protokołu lub odmówił jego podpisania).
Jeżeli kontrolowany nie zgadza się z treścią protokołu, może zgłosić zastrzeżenia, które muszą mieć formę pisemną i zostać zgłoszone właściwemu organowi w terminie siedmiu dni od dnia otrzymania protokołu. Kontrolowany może również odmówić podpisania protokołu i wówczas musi złożyć wyjaśnienia dotyczące odmowy podpisu. Wyjaśnienia muszą zostać zgłoszone właściwemu organowi w terminie siedmiu dni od dnia otrzymania protokołu.
Informacje zawarte w protokole kontroli stanowią podstawę do dalszych działań Inspekcji Weterynaryjnej, w tym wydawania decyzji w postępowaniu administracyjnym oraz kierowania zawiadomień do organów ścigania.
Do działalności nadzorowanych przez organy Inspekcji Weterynaryjnej nie ma zastosowania większość przepisów ustawy „Prawo przedsiębiorców dotyczących sposobu przeprowadzania kontroli i czasu kontroli”.
Kontrolowany jest zobowiązany do udzielania pomocy osobie kontrolującej. Uniemożliwienie lub utrudnianie wykonania kontroli stanowi wykroczenie zagrożone karą aresztu, ograniczenia wolności lub grzywny.
Kierowanie gróźb oraz stosowanie przemocy w celu zmuszania do zaprzestania wykonywania kontroli, jak również udaremnienie czynności wynikających z nakazów Inspekcji wydanych w związku ze zwalczaniem chorób zakaźnych zwierząt (np. nakazu zabicia zwierząt) stanowi przestępstwo zagrożone karami grzywny, ograniczenia wolności albo pozbawienia wolności.
Każda osoba prowadząca kontrolę w imieniu organu Inspekcji Weterynaryjnej podlega ochronie przewidzianej dla funkcjonariuszy publicznych, dlatego kontrolującym mogą towarzyszyć funkcjonariusze Policji.